Soru:
Piyano dışkı bileşenlerinin Cp-M burulma açılarının rahat taraması
Secret
2017-05-30 10:03:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Piyano dışkı komplekslerinden oluşan bir kütüphanenin genel minimumları ve TS'yi bulmak için konformasyon analizinin bir parçası olarak, piyano dışkı kompleksinin bacaklarının Cp-M bağı etrafında döndürüldüğü rahat bir taramanın yapılması gerekir (Burada bir $ \ ce {[(Me-Cp) RuClH (CO)]} $ burada söz konusu görevi göstermek için verilmiştir):

enter image description here

Bununla birlikte, Gaussian 09 veya 16'nın gereksiz koordinatlarda yapay atomlara izin vermediği ve atomlardan birinin sahte olduğu dihedraller oluşturamadığı bulundu Genelleştirilmiş İç Koordinatlar (GIC) kadarıyla atom, çünkü atomlar bir iç koordinat olarak kabul edilmez. Ayrıca bu sorudan farklı olarak, rotasyonun Cp-M bağıyla ilgili yapılması gerektiğinden, bu sorudaki geçici çözüm işe yaramayacaktır.

Ayrıca, mevcut dihedrallerin hiçbiri ortadaki bağın Cp-M eksenine hizalanacağı bir dihedral vermek için birbirine eklenebilir. Bu, Cp'nin merkezi için yapay atomun gerekli olduğu anlamına gelir.

  1. Cp-'nin gevşetilmiş taramasına eşdeğer bir sonuç elde edebilecek olası geçici çözümler nelerdir? M dihedral?

  2. Sahte atomlar veya (daha iyi) kullanıcı tanımlı rotasyon eksenleri kullanılarak rahat taramaya izin veren başka kimya paketleri var mı?

Denedim, çok denedim. GIC'nin harika olanaklarıyla bile bu işe yaramıyor. Bir ekseni (ve düzlemi) sabitlemeye çalışırken, uygulanamaz kısıtlamaların sayısını hızla aşarsınız ve ardından açıyı taramak için arccos'u kullanırsınız. Tanım işe yaradı, ancak tarama sonraki geometriyi tahmin etmede başarısız oldu.
Bir cevap:
Joaquin Barroso Flores
2017-06-15 02:53:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kukla kullanır, bağlantı matrisinde 3 X 10 11 (16 ve 18 de) dihedralleri tanımlar, optimizasyonu çalıştırır ve daha sonra, daha önce tanımlanmış olanın değerini değiştirerek sonraki hesaplamaları ayrı dosyalarda çalıştırmak için bir kabuk komut dosyası yazardım dihedraller. Bu yüzden, benim çözümümün elle yapmanın biraz üzerinde olduğunu tahmin ediyorum, ancak şu ana kadar bunu yapan herhangi bir yazılım bulamadım ve G09'un geçici çözümü yok.

Umarım bu yardımcı olur



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...